본선부터는 32강체제로 가게되며, 32강부터는 최상위 리그인 K리그 클래식에 속한 팀들이 참여한다. 이 때문에 본선은 32강을 짤 때, 1부리그에 속한 팀이 몇개냐에 따라서 한동안 예선 라운드가 제법 복잡했던 역사가 있다.
2016시즌 기준으로 K리그 클래식은 12개팀이므로 예선을 통과하는 팀 수는 20개팀이 된다.

= AFC 챔피언스 리그와의 관계 =
FA컵 우승팀은 [[AFC 챔피언스 리그]]에 진출할 자격을 갖는다. 이 때문에 모든 팀들이 눈에 불을 켜고 달려든다. FA컵은 상금규모와 대회 진행에 따른 보상이 너무나도 초라했던 관계로 초창기에는 리그컵 내지는 그보다 못한 대회로 취급받았기 때문에 그다지 중요한 대회라는 인식이 없었다. 하지만 AFC에서 차기 ACL티켓을 부여하고부터는 K리그 클래식 다음가는 권위있는 대회로 탈바꿈했다.

AFC 챔피언스 리그에 올라가면 상당한 수익을 올릴 수 있고, 국제 무대에서 팀의 이름을 알려서 팀의 가치를 올릴 수 있는 '기회'가 되기 때문이다. 반면에 특별히 보상을 줄 수 없었던 리그컵 대회는 점차 인기가 떨어지다가 폐지되는 수순을 밟으면서 FA컵과 명암이 교차하였다.

단, 이 규정은 '''법인화가 완벽하게 진행된 완전한 프로팀'''이라지만 FA컵 우승팀 자격으로 티켓을 받을 수 있다. 즉, 아직까지 K리그 이외 팀이 우승한 적은 없지만 만에 하나 실업팀과 같은 세미프로나 대학팀 같은 아마추어가 우승하게 되면 우승팀일지라도 ACL 참가는 불가능하다. 또한 프로화를 했다고는 하나 팀이 사업자등록 및 법인화까지는 AFC의 규정에 적합해도 '''"팀의 선수 전부가 본질적으로 군인 내지는 경찰"'''인 상주 상무와 안산 경찰청은 세미프로팀과 마찬가지로 ACL진출이 불가능하다. 이 경우는 법인화가 완벽하게 진행되었지만 선수들의 신분문제로 완전한 프로팀으로 규정할 수 없기 때문.
== 리그에서 티켓을 얻은 팀이 FA컵을 우승하면 ==
2016년 기준, ACL에 참가하는 대한민국 프로축구팀들은 AFC의 규정에 따라 다음과 같은 조편성에 들어간다.
1. K리그 클래식 우승팀은 ACL에서 E조(1장)

4. 클래식 3위는 플레이오프에 진출하고 플레이오프 승자가 될 시에는 H조에 편성(0.5장)

과거 포항이 더블을 달성했을 때는 3.5장이 아니라 4장을 부여하였기에 '''어차피 똑같은 1장'''이라는 개념이 있어서 FA컵 우승팀이 들어가야 할 F조의 자리를 당시 리그 4위였던 서울에게 바로 넘겨줬기 때문에 서울이 F조 자리로 갔었다. 그리고 0.5장이란 개념이 없던 미비했던 동아시아 조추첨의 경우는 각 국가별로 조별단계에서 겹치지 않도록 국가별 조추첨을 통해 조편성이 이루어졌기에 한때는 리그 2위였던 성남이 E조에 들어가고 우승팀인 전북이 F조 들어가는 등의 상황이 있었다. 허나 지금은 동아시아 조편성에 0.5장이라는 특수성이 과거에 비해 복잡하게 이루어지는 과정에서 조편성이 난감해질 우려가 생겼기 때문에 아래와 같이 복잡한 구조가 되었다. 이는 대한민국 K리그 뿐만이 아니라 똑같이 3.5장을 부여받는 J리그와 중국 슈퍼리그도 비슷한 논리로 조편성을 위한 티켓부여가 복잡하게 이루어진다.
=== 3위팀이 FA컵을 우승 ===
동 시즌 클래식 3위팀이 동 시즌 FA컵을 우승하면 3위팀은 F조에 편성되고, ACL 플레이오프 티켓을 4위팀에게 양도하게 된다. 가장 간단한 경우.